Q 公益法人が、収益事業に属する固定資産について譲渡等の処分をした場合の損益は、税務上どのように取り扱われるのでしょうか。
回答
1.収益事業に付随する行為によるものとして、原則として、収益事業に係る損益とされます。
2.ただし、一定の要件を満たせば、収益事業に係る損益に含めないことができます。
解説
１、 法人税法上の取り扱い
公益法人が収益事業として使用している固定資産を譲渡、除却その他の処分をした場合の、その損益は、収益事業に付随する行為に係るものとして、原則として収益事業に係る損益となります（法税基通15-1-6（6）・15-2-10）。
一方、非収益事業に使用されていた固定資産については現行法人税法上はその処分損益は非課税になっています。他方公益法人が長期保有土地にマンション建設した場合の、値上がり益（キャピタルゲイン）については、課税対象から除くことができる旨の規定（法税基通15-1-12）との関係から、次に掲げるような（１）長期保有の固定資産の譲渡等、（２）収益事業廃止に伴う固定資産の譲渡等については、収益事業の付随行為には含まれないものとして、その損益を収益事業に係る損益には含めないことができることになっています（法税基通15-2-10）。
（１） 長期保有の固定資産等の譲渡等
相当期間、つまりおおむね10年以上にわたって固定資産として保有していた土地・借地権、建物または構築物について譲渡、除却等で処分したことによる損益は、収益事業の損益に含めないことができます。但しキャピタルゲインではなく、その譲渡に際して、土地等につき区画形質の変更・マンションの分譲などによって付加された価値の増額部分にかかる損益は、不動産販売業として収益事業の損益となります（法税基通15-2-10（1）括弧書）。
（２） 収益事業の廃止に伴う固定資産の譲渡等
収益事業の全部または一部を廃止して、その廃止に係る事業に属する固定資産いついて譲渡、除却等で処分したことによる損益は、長期保有していたかどうかを問わず、収益事業の損益に含めないことができます。つまりこの行為は収益事業に付随するものとは言い難いからです。なお収益事業の廃止に伴う固定資産の譲渡等の場合は、土地、建物、構築物だけでなく車両運搬具、器具備品などの固定資産も含まれます。
２、 決算書・法人税申告書の作成のしかた
公益法人等が法人税法上の収益事業を行っている場合は、その収支等を収益事業と収益事業以外の事業とに区分経理する必要があります（法税令6条）。したがって確定決算でその譲渡損益を収益事業以外の損益として経理する必要があります。収益事業に属する固定資産の処分損益の取り扱い（法税基通15-2-10）は「損益に含めないことができる」として、「できる」規定になっています。したがって収益事業の付随行為ではない、という意思表示をするためにもこのような処理が必要といえます。
ただし小規模法人等で、総勘定元帳上での収益事業の区分経理（費用・収益・資産・負債の区分）が困難な場合は、決算時のみ合理的な方法により、共通経費の按分を行い、税務申告のための計算表（例えばフロー式正味財産計算書等）を作成する方法（区分経理表方式または期末抽出方式）も実務的に広く行われています（公認会計士協会・公益法人委員会報告18号参照）。
この方法による場合は長期保有の固定資産の売却部分については非収益事業の方に掲記して区分経理表を作成します。
なお、期末抽出方式で税務申告目的の計算書を作成し、その際譲渡損益は収益事業に計上し、法人税の申告にあたっては、法人税申告書の別表４で減算する方法も、実務的にまかりとおっているようですが、法人税施行令6条で要求されている区分経理を申告調整で変更する処理は、疑問が残ります。ただこの場合の期末抽出方式による税務申告目的の計算書は、社員総会等の承認を受けたものでないというところに問題が残ります。
総勘定元帳上での収益事業の区分経理（費用・収益・資産・負債の区分）を行っている場合は、「収益事業に含めない」という意思表示をするために、事前に法人税法上の収益事業から、それ以外の非収益事業に振替えなければならないとする説もあります。
この考えに従うと、非収益事業に振替える際に、その振替固定資産の簿価部分が「みなし寄付金」になる場合も考えられ（そうでない場合は収益事業への元入金の戻し）、みなし寄付金にたいする課税問題を誘発します。一方で非課税としながら、他方でみなし寄付金課税をするということは、通達の趣旨に反します。
したがって総勘定元帳上での収益事業の区分経理を行っている場合は、申告調整で減算する道もあってしかるべきと考えます。
法人税法基本通達15-2-13の「公益法人等が収入したゴルフクラブの入会金」の扱いでは「区分経理をした場合には入会金を・・・・」
と規定し、経理方法についても言及していますが「法税基通15-2-10」では経理方法については何も触れていないため、国税当局の現場サイドも含めて、職業会計人の間でも実務的混乱をきたしています。
