専門的知見とノウハウが必要なことから、従来は当法人が独占的に、国から
随意請負契約で受注してきたのですが、今年度（平成18年）から一般民間事業会社との
公募競争となり、数億円の受注ができませんでした。
公益法人制度が大きく変わったのでしょうか？

公益法人に対する行政の関与の在り方の改革実施計画が平成18年6月に一部改正されて発表されています。
「公益法人に対する国の関与等を透明化・合理化するための措置」（以下「透明化・合理化ルール」という。）を適用し、行政及び公益法人の双方における、より一層の透明性、効率性、厳格性の確保を図るものとされています。このようなことも関係あるかもしれません。
また補助金依存型公益法人についても厳しい扱いになっており、これらの扱いは平成14年くらいから
発表されているのですが、公益法人改革3法案が通った当りから現実問題として浮かび上がってきているようです。
　　詳しくは　　↓
http://www.gyoukaku.go.jp/about/index_gaiyou.html